Les nouveaux virus viennent de notre trop grande proximité avec les animaux

Revue de presseD'où vient ce virus? Comment le suivre à la trace? Quelles conséquences de la pandémie sur l'aviation? La presse européenne répond.

Un pangolin, hôte du coronavirus, devant 450 kilos d'écailles de pangolin et d'animaux morts saisis par la police thaïlandaise.

Un pangolin, hôte du coronavirus, devant 450 kilos d'écailles de pangolin et d'animaux morts saisis par la police thaïlandaise. Image: Keystone

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Les compagnies aériennes battent de l'aile

Le quotidien «Die Welt» s'est penché sur le sort des compagnies aériennes, à commencer par la première compagnie low cost au monde, Ryanair. «Les prévisions de croissance du plus grand groupe aérien à bas prix d'Europe, Ryanair, ont explosé en vol sous l'effet de la crise du coronavirus. L'année dernière, la compagnie prévoyait de passer dans les cinq ans, le seuil de 200 millions de passagers par an s après les 142 millions enregistrés en 2019.»

«Le PDG de Ryanair, Michael O'Leary, vient d'annoncer que la flotte est maintenant presque entièrement clouée au sol en» raison de la pandémie de Corona. Au lieu de transporter des passagers en vacances, les avions seraient mis à la disposition de tous les gouvernements de l'UE pour les vols d'évacuation de l'étranger de leurs ressortissants, le transport de matériel médical et, si nécessaire, pour le transport de nourriture en cas d'urgence. Il n'a pas été possible de savoir s'il y avait déjà eu des opérations concrètes dans lesquelles ces avions ont servi d'avions cargos.»

«Ryanair, comme d'autres compagnies aériennes, a de plus en plus réduit son programme de vols ces dernières semaines en raison des possibilités de voyage limitées en Europe. À la mi-mars, on disait encore que 80% de la flotte devrait probablement être immobilisée en avril et mai. (...) L'association de l'industrie aérienne IATA vient de publier une nouvelle prévision selon laquelle les revenus des compagnies aériennes provenant du tnrafic de passagers pourraient s'effondrer de 44% ou de 252 milliards de dollars dans le monde cette année.»

«Il y a un peu plus de deux semaines, l'IATA avait signalé une perte de revenus pouvant atteindre 113 millions de dollars dans le pire des cas. Il s'agit donc d'un doublement de la perte de recettes attendue en peu de temps. «L'industrie de l'aviation est confrontée à sa crise la plus grave», a déclaré Alexandre de Juniac, président de l'IATA. Sans un soutien immédiat du gouvernement, cette industrie n'existera plus. «Les compagnies aériennes ont besoin de 200 milliards de dollars de liquidités pour pouvoir passer», a-t-il déclaré. Certains gouvernements ont déjà exprimé leur soutien, «mais beaucoup d'autres doivent suivre», a déclaré le chef de l'IATA.»

«Dans ses dernières estimations, l'association professionnelle suppose que les restrictions strictes en matière de voyage seront levées au bout de trois mois. Toutefois, la reprise de la demande de voyages sera affaiblie plus tard dans l'année par la récession mondiale et les pertes d'emplois.», conclut le quotidien allemand.


D'où vient le virus? Des animaux!

La Chine a-t-elle fabriqué le coronavirus à l’origine de l’actuelle épidémie de Covid-19? se demande «Le Figaro». «Cette théorie loufoque, très populaire dans les milieux conspirationnistes, s’appuie sur une malheureuse coïncidence: la ville de Wuhan, berceau de la pandémie, abrite un laboratoire de très haute sécurité où sont réalisées des recherches sur les coronavirus de chauves-souris. Certains ont donc vite fait le lien: soit le virus aurait été délibérément libéré dans la nature, soit un chercheur aurait malencontreusement été infecté par un animal, avant de contaminer la population. Le sénateur américain Tom Cotton propageait cette idée absurde sur la chaîne Fox News le 16 février dernier. En réponse, un porte-parole du ministère chinois des Affaires étrangères affirmait au contraire sur Twitter que l’armée américaine aurait introduit le virus en Chine… Bref, du grand n’importe quoi», écrit Cécile Thibert.

«Car ces théories ne tiennent pas debout une seconde. En février dernier, 27 scientifiques internationaux signaient une tribune en ce sens dans la revue «The Lancet». «Nous nous unissons pour condamner fermement les théories du complot suggérant que le nouveau coronavirus n’est pas d’origine naturelle. Des scientifiques de plusieurs pays ont publié et analysé le génome du virus, et ils concluent tous qu’il provient de la faune sauvage, comme de nombreux autres agents pathogènes émergents», écrivent-ils, très remontés. Toutes les études publiées ces dernières semaines sur l’origine du virus montrent qu’il en existe des versions relativement proches chez la chauve-souris et, dans une moindre mesure, chez le pangolin. La semaine passée, une correspondance publiée dans la prestigieuse revue «Nature Medicine» le martèle une nouvelle fois: absolument aucune caractéristique génétique du virus ne porte la marque d’une quelconque manipulation humaine.»

«À chaque fois qu’un virus émerge – ce fut le cas pour le VIH, le virus du chikungunya, Ébola, la grippe aviaire ou le virus Zika – des théories complotistes émergent», constate Bruno Coutard, chercheur au sein de l’unité des maladies infectieuses émergentes de l’université d’Aix-Marseille. «Mais la communauté scientifique finit toujours par trouver des mécanismes naturels d’émergence cohérents.»

«Pour l’heure, les études montrent que le virus partage un ancêtre commun avec des virus assez similaires retrouvés chez des chauves-souris et chez le pangolin, un animal très braconné en Chine en raison des prétendues vertus médicinales de ses écailles. Reste à trouver les chaînons manquants. «On s’attend à trouver un coronavirus intermédiaire, ancêtre direct du Sars-CoV-2, chez un animal élevé à large échelle et/ou éventuellement prélevé en masse dans le milieu sauvage pour la consommation humaine, dans les régions du sud de la Chine», indique Meriadeg Le Gouil, virologue et écologue aux universités de Caen et de Rouen. «Les virus n’ont pas besoin de nous. Enfin si, en tant qu’hôte pour pouvoir investir un nouvel environnement. Mais pas de nous en tant qu’ingénieur du vivant», souligne lui aussi Bruno Coutard.»

«Les virus n’ont d’ailleurs pas attendu la construction de laboratoires ultrasophistiqués pour infecter l’être humain. La sélection naturelle et des millions d’années d’évolution leur ont donné un coup de pouce. Certains ont laissé leur empreinte à tout jamais: une part non négligeable de l’ADN humain (environ 8%) est constituée de séquences génétiques de virus! La fixation de l’embryon dans l’utérus est même contrôlée par certains de ces gènes. «Un virus intégré est donc très probablement à l’origine d’une des caractéristiques biologiques essentielles des mammifères», indique Meriadeg Le Gouil. Preuve que les interactions avec les virus ne sont pas toujours délétères», explique le quotidien français.

«Lorsque plusieurs coronavirus infectent un même individu, ils ont la capacité de s’échanger du matériel génétique plus efficacement que ne pourraient le faire les scientifiques dans leur laboratoire. Quant à ceux qui nous posent problème, ils nous sont presque toujours transmis par des animaux. Ce fut le cas d’Ébola, transmis à l’homme par des chimpanzés et des gorilles infectés par des chauves-souris, mais aussi du virus de la rougeole, qui est la conséquence de l’adaptation à l’espèce humaine du virus de la peste bovine survenue au moment de la domestication, il y a plusieurs milliers d’années. Ce fut aussi le cas du virus du Sars-CoV, un coronavirus qui a émergé en Chine en 2002, provoquant une importante épidémie. Initialement présent chez une espèce de chauve-souris, le virus est parvenu à contaminer des civettes, un petit mammifère à mi-chemin entre la panthère et le blaireau.»

«À la suite de l’explosion industrielle du delta de la rivière des Perles dans la région du Guangdong, dans le sud de la Chine, l’élevage de civettes, hôte intermédiaire, a été multiplié par 50 dans les quelques années précédant l’émergence chez l’homme. La civette était alors choisie vivante par les consommateurs dans l’arrière-boutique de restaurants proposant des mets traditionnels», explique Meriadeg Le Gouil. Quant au virus du Mers (un coronavirus, lui aussi), il a été transmis à l’homme par les dromadaires en Arabie Saoudite en 2008. Les études montrent que le virus circulait chez cette espèce depuis une trentaine d’années.»

Depuis l’épidémie de SRAS en 2002, tous les spécialistes des coronavirus s’attendaient à l’émergence à moyen terme d’un nouveau virus chez l’homme. D’abord parce que ces virus ont une grande capacité à évoluer. «Ils font de l’échange de matériel génétique entre eux, notamment chez les chauves-souris, qui jouent alors le rôle de bioréacteurs», explique Bruno Coutard. «Lorsque plusieurs coronavirus infectent un même individu, ils ont la capacité de s’échanger du matériel génétique bien plus efficacement que ne pourraient le faire les scientifiques dans leur laboratoire», détaille Meriadeg Le Gouil. Autre mode d’évolution: les mutations. En quelques heures, un seul virus génère des milliards de copies de lui-même, dont certaines varient légèrement de l’original. «Si certaines mutations aléatoires sont favorables à la survie, elles s’installeront dans la population virale», poursuit Bruno Coutard. «Ce brassage génétique confère aux coronavirus une certaine capacité à infecter de nouveaux hôtes. Cette fois, c’est tombé sur l’homme, mais on peut imaginer que de tels événements ont lieu en permanence chez d’autres animaux.»

Pour franchir, la «barrière d’espèces», il faut cependant que l’animal hôte ait des contacts répétés avec le futur accueillant, ici, l’homme. «Un ensemble de paramètres font que deux espèces qui ne sont normalement pas en contact le sont de plus en plus fréquemment», indique Éric Leroy, directeur de recherche à l’Institut de recherche pour le développement (IRD) et membre de l’Académie de médecine. «Ce peut être lié à l’augmentation de l’élevage et donc de la consommation de certains animaux, à la déforestation ou à l’extension des villes vers le milieu naturel. Si on détruit leurs ressources alimentaires, les animaux frugivores – comme c’est le cas de certaines espèces de chauve-souris – vont se rabattre sur les arbres fruitiers cultivés par l’homme.» En somme, le nouveau coronavirus n’a pas été fabriqué par l’homme. Mais les activités humaines ont bien, indirectement, permis son émergence.


Le génome détective sur les traces du coronavirus

«Les progrès réalisés dans le séquençage des gènes ont permis aux scientifiques de suivre la pandémie de COV-19 plus rapidement que toute autre épidémie généralisée», rapporte le quotidien espagnol «El Pais». «Lorsque le nouveau coronavirus (officiellement connu sous le nom de SRAS-CoV-2) a été identifié en Chine en janvier, les scientifiques du monde entier ont réagi rapidement. En quelques jours, l'ensemble du patrimoine génétique, ou génome, du virus a été mis en ligne sur Internet. À titre de comparaison, lors de l'épidémie de coronavirus de 2003, le SRAS a pris près de trois mois après que la maladie ait été attribuée pour la première fois à la chlamydia.»

«Les progrès technologiques ont considérablement réduit le coût du séquençage génétique, et les machines sont désormais assez petites pour tenir dans la paume de la main. Cela a permis de séquencer un grand nombre d'échantillons dans le monde entier. "A partir des séquences, nous pouvons voir comment le virus se propage, la vitesse à laquelle il se propage et calculer le nombre de personnes infectées. Plus nous recevons de séquences, plus les chiffres sont précis", explique Anne-Miek Vandamme, professeur à l'Université catholique de Louvain en Belgique.»

«Le séquençage de masse, ou NGS, peut générer d'énormes quantités de données, et le défi consiste à trouver des moyens de les analyser correctement. En 2015, le professeur Vandamme a dirigé un projet appelé VIROGENESIS pour aider à analyser et à interpréter les données de séquençage, en particulier pour les laboratoires qui n'ont pas l'habitude d'utiliser des analyses génétiques complexes. «Lorsque nous avons réalisé le projet, seuls les grands laboratoires de recherche disposaient de NSG. Maintenant, tout le monde l'a», dit-il.»

«L'un des outils développés, appelé Genome Detective, peut prendre les données brutes de l'appareil de séquençage, filtrer les résultats non dérivés de virus, découper le génome et l'utiliser pour identifier le virus. Il ne repose sur aucune hypothèse ou supposition préalable, de sorte qu'il peut même identifier des virus inédits. C'est ce qui a été utilisé pour confirmer le premier cas de COVID-19 en Belgique, l'identifiant comme un coronavirus lié au SRAS.»

«À partir des séquences, nous pouvons voir comment le virus se propage, la vitesse à laquelle il se propage et calculer le nombre de personnes infectées. Plus nous recevons de séquences, plus les chiffres sont précis.»

La force du séquençage génétique vient de la comparaison des résultats de différents cas. Le professeur Vandamme a trouvé le niveau de collaboration internationale «fantastique»: «Par rapport au passé, il y a beaucoup plus de partage de données et de séquences sur Internet, car nous avons beaucoup plus d'outils disponibles pour les partager. L'un de ces outils est NextStrain, une ressource numérique qui utilise les données génomiques pour suivre en temps réel l'évolution des organismes pathogènes, tels que les virus. Il a permis de suivre plusieurs foyers, tels que le zika, l'Ebola et la dengue, et a même été utilisé pour aider à définir la politique de l'Organisation mondiale de la santé (OMS) en matière de grippe saisonnière.»

«Les documents de recherche mettent généralement des mois à être publiés, un milliard d'années dans la course actuelle pour surmonter la pandémie. La nécessité de partager rapidement l'information a conduit à un plus grand nombre de «pré-publications», des projets qui n'ont pas encore été soumis à un examen par les pairs. «La poussée vers la science ouverte, les données ouvertes et la pré-publication a vraiment changé la façon dont nous vivons le discours scientifique dans cette épidémie par rapport aux précédentes», déclare Richard Neher, professeur à l'Université de Bâle en Suisse et directeur du projet NextStrain.»

NextStrain «possède déjà plus de 700 génomes du nouveau coronavirus, qui peuvent être utilisés pour suivre l'épidémie en détectant les nouvelles mutations du virus. Les mutations n'affectent pas nécessairement le comportement du virus, mais elles peuvent agir comme une signature génétique pour détecter les cas qui sont liés. Ce serait comme déterminer notre généalogie par des tests ADN: un virus séquencé à Madrid, par exemple, pourrait avoir des mutations indiquant qu'il provient d'une épidémie originaire d'Italie», conclut le journal à partir d'une étude publiée par «Horizon», une revue consacrée à l'innovation dans l'Union européenne.

Revue presse des journaux LENA: Le Figaro, Die Welt, Le Soir, El País, La Repubblica, Gazeta Wyborcza, Tages Anseiger, Tribune de Genève

Créé: 25.03.2020, 09h07

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