L’outil qui explore la jungle de la littérature médicale

Intelligence artificielleLes HUG sont les premiers en Europe à se doter d’un programme d’IBM, Watson for Genomics, pour les cas de cancer.

Un programme d'intelligence artificielle va identifier les mutations génétiques plus vite que les praticiens.

Un programme d'intelligence artificielle va identifier les mutations génétiques plus vite que les praticiens. Image: Dan McCoy - Rainbow/Corbis

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Un quart d’heure, montre en main. C’est la durée moyenne que mettrait le programme Watson for Genomics pour effectuer une revue complète de la littérature médicale et proposer une liste de médicaments adaptés. Alors qu’un oncologue peut mettre plusieurs heures, voire plusieurs jours dans les cas complexes, pour effectuer le même travail manuellement. C’est-à-dire étudier la littérature scientifique relative à un cas précis, et déterminer le traitement le plus efficace. C’est ce gain de temps substantiel qui a convaincu les Hôpitaux universitaires de Genève d’essayer ce programme d’intelligence artificielle de la multinationale américaine IBM.

Depuis un an, ils testent ce «moteur de recherche sophistiqué», utilisé notamment par la Mayo Clinic aux États-Unis (classée meilleur hôpital du pays par le magazine «US News World Report») et le Massachusetts Institute of Technology. Ce logiciel, intitulé Watson for Genomics, fait partie d’un grand ensemble de programmes d’intelligence artificielle labellisés Watson (avec divers domaines d’application, passant des services financiers à l’éducation). Il ne doit pas être confondu avec son quasi-homonyme Watson for Oncology, utilisé par l’hôpital de Nyon par exemple.

200 cancers, 120 possibilités

«Il existe aujourd’hui plus de 200 cancers différents et près de 120 médicaments dans ce domaine, décrit le dossier de presse des HUG. Pour les oncologues, une fois le diagnostic posé et les mutations génétiques identifiées, il est crucial d’étudier la littérature scientifique avant de déterminer le traitement le plus efficace. Plusieurs outils informatiques peuvent faciliter cette tâche et fournir rapidement, parmi quelque trois millions de publications, une liste d’articles évaluant des traitements. Ces recherches sont personnalisées en fonction des données génétiques de chaque tumeur.» Concrètement, un rapport de plusieurs dizaines de pages, avec des références d’articles et des liens, arrive en dix à quinze minutes sur le bureau du médecin.

Comment garantir la protection des données des patients dans ce cadre? «Les données sont envoyées sans aucun identifiant sur le patient et sont supprimées dès la fin de l’analyse bibliographique» (lire aussi l'interview ci-contre).

Des pairs plus prudents

D’autres établissements médicaux en Suisse romande suivent ces pistes d’avenir de près. «On est très attentifs à ces nouveaux outils, confie le professeur André-Pascal Sappino, oncologue à la Clinique des Grangettes. Mais à mon avis c’est un peu prématuré de les intégrer dans les décisions thérapeutiques. On est dans une phase de transition entre la théorie et l’applicabilité dans le quotidien du patient. Cette dernière est suspendue à des validations formelles. C’est pour cela que cet outil ne se développe que dans une structure universitaire pour le moment, car il doit être couplé à des programmes de recherche.»

Le Centre hospitalier universitaire vaudois (CHUV) n’a pas non plus franchi le cap. «On a parlé de l’idée de tester Watson for Genomics en collaboration entre Lausanne et Genève, explique le professeur Olivier Michielin, médecin-chef du Centre d’oncologie de précision du CHUV. Cela dit on est encore en train d’évaluer quelles sont les meilleures solutions. Celle d’IBM nous intéresse beaucoup. Mais pour nous, le défi, c’est de les évaluer de manière rigoureuse avant de les implémenter, avec des essais cliniques, afin de voir comment elles s’adaptent à l’environnement suisse.»

La société Sophia Genetics, basée à Saint-Sulpice (VD), pourrait se profiler comme le principal concurrent de la multinationale américaine sur ce créneau.

Côté IBM, «nous sommes extrêmement heureux de nous associer aux HUG pour amener Watson for Genomics en Europe. D’autres suivront bientôt, indique Mark O’Herlihy, directeur régional d’IBM Watson Health, sans donner de noms. Nous ne pourrions pas tolérer que le secteur de la santé soit le dernier à bénéficier des technologies avancées. Les patients et les soignants ont besoin de ces technologies, aujourd’hui, pour fournir un traitement plus précis et plus rapide.»

Quant au coût de ce programme, ni les HUG ni IBM n’ont souhaité nous le communiquer.


Le fonctionnement de l'interface


Démonstration par le Dr Tsantoulis des HUG

Créé: 11.09.2019, 08h00

De faux patients pour test

Le Dr Rodolphe Meyer, directeur adjoint des services informatiques des HUG, et également médecin, défend son choix pionnier – parfois mis en doute par ses pairs de son propre aveu – de se lancer dans l’aventure avec Watson for Genomics avant tout le monde.

Comment se fait-il que les HUG soient les premiers à utiliser ce programme IBM en Europe? Est-il déjà au point?
Nous avons testé ce programme pendant un an en construisant cinq faux profils de patients. Nous avons fourni ces fausses données à IBM et avons analysé leurs résultats pendant trois mois. Ils étaient très intéressants. Il y a eu beaucoup d’articles polémiques sur la galaxie de programmes Watson. Nous avons donc effectué un gros travail pour nous assurer juridiquement et informatiquement que les données sont sécurisées. C’était un travail de longue haleine et nous sommes peut-être tout simplement les seuls à avoir consenti cet effort pour le moment.

Comment s’assurer qu’IBM n’a pas d’intérêts à recommander un traitement plutôt qu’un autre et vous influence?
Effectivement, le risque ici, plus encore que Big Brother is watching you, est Big Brother is telling you what to do. Nous garantissons que l’outil va aider les cliniciens mais pas se substituer à eux. Il donne des conseils, qu’on ne se sentira pas obligés d’appliquer. La décision finale restera la nôtre. D’autant qu’il peut y avoir des critiques sur les protocoles de traitement américains, qui ne sont pas les nôtres. Mais cela permettra d’atteindre plus vite un résultat, dans des situations où le temps est important. Et les résultats d’IBM sont alimentés par la littérature internationale. Donc s’il y avait un lobbying pour une molécule, il faudrait qu’il existe à l’échelle de toutes les publications mondiales.

Pourquoi avoir choisi un outil américain et pas suisse, comme Sophia DDM?
Les autres outils ne répondaient pas à notre cahier des charges qui cumule deux critères. Premièrement, on veut rester maîtres de nos données. Avec IBM, on peut les effacer, ils ne les gardent pas. Deuxièmement, on veut que les analyses génétiques s’effectuent toujours aux HUG. Avec les autres produits, c’est parfois l’entreprise externe qui effectue les prélèvements et le séquençage, ce qui aurait fait perdre des emplois à l’interne. Ainsi, on n’a pas de dépendance envers un fournisseur extérieur, on peut arrêter sans problème si ça ne va pas, car on garde la maîtrise intégrale du processus.

Un an de tests, est-ce suffisant au regard des enjeux?
On s’est donnés deux ans d’observation pour continuer le travail manuel en parallèle de Watson afin de vérifier si cet outil permet vraiment des gains de qualité et de temps. C’est un peu une période d’essai, qui nous permet de changer si un concurrent devient meilleur.

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