Martin Stoll concentre ses recherches sur l'administration fédérale. Il est l'initiateur et le directeur de la plateforme de transparence loitransparence.ch, forme des journalistes en tant que formateur en recherche et est membre du comité directeur du réseau suisse de recherche investigativ.ch. Grâce à différentes recherches, il a lancé des enquêtes parlementaires. Il a ainsi révélé l'existence d'une connexion secrète entre les services secrets suisses et l'Afrique du Sud de l'époque de l'apartheid et a également fait connaître une fuite de données lourde de conséquences au sein des services secrets. Il a participé à des recherches qui ont entraîné la démission de l'ancien chef de l'armée Roland Nef et de l'ambassadeur de Suisse aux Etats-Unis, Carlo Jagmetti. Il a été récompensé à plusieurs reprises pour ses travaux journalistiques, notamment par le prix zurichois du journalisme. En 2019, le magazine professionnel «Schweizer Journalist» a honoré ses longues années de contribution au développement de la transparence administrative en Suisse en lui décernant un prix spécial.
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